چالش های شایسته گزینی ( Challenges of merit selection) از مواردی است  که به هنگام اعمال رویکرد شایستگی در سازمان باید به آن توجه کرد چرا که این اتفاق  به نوعی همان چالش های موجود در مقابل رویکرد شایستگی می باشند. بدین ترتیب چالش های موجود در شایسته گزینی را می توان به شرح زیر مورد توجه قرار دهیم:

–         تناسب فرهنگ و جو سازمانی با رویکرد شایستگی

–         تناسب ساختار سازمانی با رویکرد شایستگی

–         تناسب چرخه حیات سازمان با رویکرد شایستگی

–         تناسب سیستم جذب نیروی انسانی با رویکرد شایستگی

–         تناسب استراتژی ها و فرآیند های سازمانی با رویکرد شایستگی

–         تناسب سبک مدیریتی سازمان با رویکرد شایستگی

–         تناسب تکنولوژی و فضای عملکردی با رویکرد شایستگی

–         تناسب تخصیص منابع با رویکرد شایستگی

–         تناسب سامانه های آموزشی مبتنی بر رویکرد شایستگی