فرزند آیت‌الله حاج شیخ عبدالله ممقانی نویسنده برجسته و صاحب کتاب تنقیح المقال و نواده آیت‌الله حاج شیخ محمد حسن ممقانی از مراجع نجف است.
ایشان در صفر ۱۳۴۰ ق در نجف به دنیا آمد و درس عالی حوزه را نزد آیات حاج سید عبدالهادی شیرازی، حاج سید محسن حکیم، و حاج میرزا باقر زنجانی فرا گرفت و پس از رسیدن به رتبه اجتهاد به تربیت شاگردان و تدریس در حوزه نجف پرداخت.در سال ۱۳۹۰ ق با فشاری که حزب بعث عراق بر حوزه نجف وارد کرد به اجبار راهی تهران شده و به تدریس فقه و اصول در مسجد ارک مشغول گشت. مدتی بعد به قم عزیمت کرده و همه وقت خویش را به تصحیح دایره‌المعارف بزرگ رجالی شیعه یعنی تنقیح المقال مصروف کرد.
ایشان از شماری از برجسته‌ترین علمای وقت اجازه روایی داشتند که از آن جمله آیات: آقا بزرگ طهرانی، سید ابوالحسن اصفهانی، آیت الله مرعشی نجفی، و شیخ محمد حسین آل کاشف الغطاء را می‌توان نام برد.
ایشان در تعظیم شعائر اسلامی نیز بسیار کوشا بوده و برابر انحرافات عقایدی و فکری سخت ایستادگی می‌کرد.
آیت‌الله محی‌الدین ممقانی در آستانه نود سالگی، روز سه‌شنبه ششم جمادی الثانی ۱۴۲۹ درگذشت.
گفتنی است ،سید محمد باقر حکیم، داماد حضرت آیت الله العظمی محی الدین ممقانی بود .
یادشان گرامی و نامشان جاودانه باد