موانع تفکر سیستمی متعدد هستند و با این که فوائد تفکر سیستمی بر کسی پوشیده نیست، اما در عمل، به‌ کار بستن تفکر سیستمی با موانعی روبرو می‌باشد که ریشه این موانع و عوامل را باید در نگرش و رفتار انسان‌ها جستجو کرد .

• جزء‌نگری

تفکر سیستمی مبتنی بر کل‌نگری و جزء‌نگری محصول فرو رفتن در علوم تجربی است، بنابراین جزءنگری به‌خودی خود امر ناپسندی نیست و چه بسا در حوزه‌هایی از علوم ضروری نیز باشد. نکته در این است که تکیه صرف بر جزءنگری، امکان فهم الگوهای حاکم بر پدیده و سیستم را از بین می‌برد.

در سازمان‌ها نیز وضعیت چنین است. پرداختن به اجزاء و واحدها باعث می‌شود تا افراد و گروه‌ها به صورت جزیره‌ای فکر و عمل کنند و این کار گرچه ممکن است بهبود عملکرد برخی واحدها را نشان دهد اما به عملکرد کلی سازمان لطمه می‌زند. به همین سبب بزرگانی همچون «مایکل همر»، بر این باورند که ساختار وظیفه‌گرا برای سازمان‌های عصر حاضر پاسخگو نیست و فرآیندی عمل کردن، ضرورتی اجتناب ناپذیر است.

جزءنگری باید با کل‌نگری همراه باشد . به عبارتی دیگر دیدن درختان از پایین باید با دیدن جنگل از بالا همراه باشد. هنر تفکر سیستمی، دیدن توام جنگل و درختان است یعنی دریافت اطلاعات کلی و جامع در عین این که جزئیات نیز مورد عنایت قرار دارند. تنها در صورت همزمان دیدن جزئیات و کلیات مسئله است که می‌توان پاسخی قوی به تغییرات و چالش‌های پیچیده داد.

بسیاری از مردم تصور می‌کنند تفکر سیستمی صرفا دیدن از بالاست، درست مثل بالگرد که می‌تواند «تصویر بزرگ» را ببیند و جنگل را از درختان تشخیص دهد. اما به تعبیر «مایکل پورتر»، یک جنگل از بالا تنها شبیه به یک سفره سبز رنگ دیده می‌شود. کسی می‌تواند جنگل را بفهمد که در آن قدم زده باشد. دیدن از بالا باید توسط دیدن از پایین پشتیبانی شود .

از مضرات تفکر جزء‌نگر آن است که وقتی به یک مسئله نگاه می‌کنیم ذهن به‌سوئی می‌رود که بهترین راه‌حل‌ را در همان محل جستجو کند، در حالی‌که به تعبیر راسل ایکاف، مسئله‌ها را باید بدون در نظر گرفتن مکان بروز آنها از جنبه‌های گوناگون مورد بررسی قرار داد. به عنوان نمونه، بهترین راه حل یک مسئله تولیدی در سازمان ممکن است از طریق یک تغییر در بازاریابی، یا به عکس، باشد .

• تمرکز بر وقایع

ما زندگی را به صورت مجموعه‌ای از رخدادها و وقایع می‌دانیم و برای هر اتفاق نیز یک دلیل روشن ارائه می‌کنیم. تمرکز بر روی وقایع، ما را از یافتن الگوی تغییرات درازمدت که در پشت رخدادها نهفته است محروم می‌سازد. عادت تمرکز بر وقایع و بویژه وقایع ناگهانی باعث می‌شود که انسان از درک تغییرات تدریجی عاجز بماند، در حالی که روند حرکت نظام هستی در ساحت‌های مختلف، تدریج و تکامل است.

داستان قورباغه‌ای که در درک افزایش تدریجی آب ناتوان است و همان مسئله باعث از بین رفتن او می‌شود معروف است. توجه و عکس‌العمل قورباغه تنها به وقایع ناگهانی معطوف می‌شود. این درست نظیر واقعیتی است که در جامعه انسانی وجود دارد و رسانه‌ها نیز بر آن دامن می‌زنند. گاه مرگ ناگهانی یک نفر چنان مورد توجه قرار می‌گیرد که زمینه‌های بروز و ظهور آن از دیده‌ها نهان می‌ماند. در مقابل، مرگ تدریجی هزاران انسان به دلیل مشکلات اقتصادی و بهداشتی و اجتماعی حساسیتی برنمی‌انگیزد.

تمرکز بر وقایع، از موانع توجه به تفکر سیستمی و توسعه آن است . این مسئله منجر به توضیح واقعه می‌شود اما انسان را از دریافتن الگوی تغییرات درازمدت که در پشت اتفاق مزبور وجود دارد بازمی‌دارد، در حالی که تحول، چه مثبت و چه منفی، یک‌شبه اتفاق نمی‌افتد. تمرکز بر رخدادهای منفرد و به‌ظاهر ناگهانی، سطحی‌نگری و ظاهربینی را در افراد و سازمان‌ها و جامعه دامن می‌زند.

به تعبیر دکتر دیوید هاوکینز، گزینش دلخواه به چیزی منجر می‌شود که متکی بر موقعیت است. به عبارت دیگر، این نوع نگاه به صورت مصنوعی، وحدت حقیقی را به قسمت‌های به‌ظاهر مجزا تجزیه می‌کند. این قسمت‌ها تنها در ظاهر دیده می‌شوند و واقعا از یکدیگر جدایی ندارند.

بنابراین در حالت خاصی قرار می‌گیریم که از «اینجا» و «آنجا» یا از «اکنون» در مقابل «بعد» سخن می‌گوئیم، یا اجزائی را از جریان زندگی به اختیار گزینش می‌کنیم که از آنها به عنوان «رخداد» یا «اتفاق» یاد می‌کنیم. یک نتیجه جدی این فرآیند ذهنی، ایجاد درک اشتباه از روابط علت و معلولی است. این سوء تفاهم، مشکلات و فجایع بی‌پایان انسانی را به بار می‌آورد .

• فرافکنی

یکی از موانع تفکر سیستمی نوعی منفی‌نگری و سرزنش کردن شرایط محیطی است. تفکر سیستمی به ما می‌آموزد که چیزی در بیرون از سیستم که مسبب بروز مشکلات باشد وجود ندارد. باید دانست که تمامی اسباب و علل مسائل در درون سیستم نهفته است و جزئی از آن به‌شمار می‌رود.

چه در سازمان و چه در اجتماع، اگر هر کس خود را فقط در شغل یا موقعیت خود معنا کند آنگاه قادر به درک اثر اعمال خود برروی موقعیت دیگران نخواهد بود.

• دام تفکر دوگانه

سیاه یا سفید دیدن پدیده‌ها مانع تفکر سیستمی است. نگرش «صفر و یک » و تفکر «یا این یا آن» به ایستائی تفکر می‌انجامد. این نوع تحلیل، نوعی ساده‌اندیشی است و با پیچیدگی‌های جهان کنونی منطبق نیست. کسانی که چنین عمل می‌کنند، بدون این‌که بخواهند، خلاقیت را نابود می‌کنند. غالبا فکر می‌کنند کار مطلوبی انجام می‌دهند اما به دام تفکر دوگانه‌ای که برای خود ساخته‌اند آگاه نیستند.

برخورد ساده‌انگارانه با دوگانگی، خلاقیت و نوآوری را از بین می‌برد و ایستا شدن تفکر موجب پدیدآمدن چارچوب‌های خودساخته می‌شود. این قالب‌های دوگانه باید شکسته و بایستی تفکری فراتر از دوگانگی داشت و «هم این و هم آن »را در نظر گرفت.

یک رخداد می‌تواند در یک زمان تاثیری مشخص در یک جنبه داشته باشد و در زمان دیگری تاثیری متفاوت بگذارد. هر رخداد، بسته به زاویه دید مشاهده‌گر، ممکن است معنا یا معانی متعدد داشته باشد. ممکن است حالتی وجود داشته باشد که متفاوت با همه حالات شناخته شده قبلی باشد .

• تفکر قالبی

گفته شده است که کودکان پیشرفت قابل ملاحظه‌ای در درک تفکر سیستمی دارند چرا که  بزرگسالان از طریق سیستم‌های رسمی آموزش، با تفکر خطی و قالبی خوگرفته‌اند و رهایی از این روش تفکر برای آنان دشوار است.

پیش‌فرض‌ها و تصورات قبلی، ذهن ما را تحت کنترل دارند و تشخیص این قیود خودنهاده هم مشکل است. به همین دلیل است که معمولا زمانی که یک راه حل معما به ما نشان داده می‌شود تعجب می‌کنیم.

معمای وصل کردن ۹ نقطه با چهارخط بدون این‌که قلم خود را از روی کاغذ برداریم نمونه‌ای از این نوع معماهاست که نشان می‌دهد تفکر ما در چارچوب جعبه‌ای از پیش تعیین شده، محصور شده و به آسانی نمی‌توانیم خارج از آن جعبه فکر کنیم. به عبارت دیگر، ما در حل مسائل مرز سیستم مورد نظر را به‌درستی تعیین نمی‌کنیم.

• توجه به علائم به جای علل

ریشه بسیاری از ناتوانائی‌های ما در شرایط پیچیده، گم کردن حلقه علیت و دیدن فقط قسمتی از آن است. سیستم‌های پیچیده انسانی دو مشخصه بسیار مهم دارند : علائم و علل. منظور از علائم، نشانه‌ها و شاخص‌هایی است که نشان‌دهنده مسئله و مشکلی در سیستم است. علل و اسباب، آن زیرساختی در سیستم است که بیشترین سهم و مسئولیت را در پذیرش نشانه‌ها و علائم، یا به عبارت دیگر مشکل سیستم، برعهده دارد و اگر شناخته شود می‌توان از طریق آن تغییرات، بنیادی و پیشرفت واقعی در سیستم بوجود آورد.

بسیاری از ما تصور می‌کنیم که علت بوجود آمدن یک مسئله الزاما با نشانه‌های آن در کنار یکدیگرند و با مشاهده این عوامل می‌توانیم علل را بیابیم. نگرش سیستمی به ما می‌گوید برای فهمیدن مشکلات اساسی لازم است به مسائلی فراتر از اشتباهات فردی و یا اقبال نامساعد بپردازیم. باید از وقایع و شخصیت‌ها بالاتر رفت. باید به عمق ساختاری پی برد که اعمال افراد و شرایط را به گونه‌ای شکل می‌دهد که رویدادی اتفاق می‌افتد.

• تفکر تحلیلی

اصول تفکر در عصر ماشین، آنگونه که «رنه دکارت » تشریح کرده، عمدتا بر این پایه بود که هر مشکل یا موضوعی را تا حد امکان باید به اجزاء کوچکتر تجزیه کرد. این روش تفکر، «روش تحلیلی »است، که تنها یک نوع روش تفکر محسوب می‌شود. تفکر فقط تحلیل نیست. در تفکر سیستمی از روش «ترکیبی» استفاده می‌شود. به عبارت دیگر، تفکر سیستمی چرخه‌ای از تجزیه و ترکیب است.

استفاده و اتکاء صرف به روش و تفکر تحلیلی مانع بزرگ تفکر ترکیبی و سیستمی است. جنبه منفی تفکر تحلیلی آن است که وقتی سیستم را تجزیه می‌کنیم ویژگی‌های مهم خود را از دست می‌دهد . سیستم، یک کل است که با تحلیل قابل درک نیست و بهتر است ترکیب قبل از تحلیل انجام شود . در تفکر تحلیلی، چیزی که می‌خواهیم بررسی کنیم به عنوان یک کل تجزیه می‌شود ولی در ترکیب، چیزی که می‌خواهیم بررسی کنیم به عنوان یک جزء از کلی که آن را دربرگرفته بررسی می‌شود.

• توجه به کمیت

توجه صرف به عدد و رقم از موانع تفکر سیستمی است . توجه به اندازه یا تعداد، مقوله‌ای است که به تعبیر «راسل ایکاف»، به «رشد» مرتبط است نه «توسعه» در حالی که تفکر سیستمی یک تفکر توسعه‌گرا است. او بین توسعه و تفکر سیستمی رابطه‌ای معنادار می‌جوید که در نهایت به بهبود کیفیت زندگی و چگونگی استفاده انسان از توانائی‌ها و دارائی‌ها و افزایش شایستگی‌های خود می‌انجامد. رشد، افزایش در تعداد یا اندازه است اما توسعه، افزایش در شایستگی است .